مرکز تغییر اقلیم و سلامت سالها تحت عنوان گروه تغییر اقلیم در پژوهشکده محیط زیست به فعالیت می پرداخت. در سال 1401 تلاش هایی برای تأسیس یک مرکز تحقیقات مشترک بین پژوهشکده محیط زیست دانشگاه علوم پزشکی تهران و دانشگاه علوم پزشکی دزفول صورت گرفت، اما با موافقت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی کشور قرار نگرفت. بنابراین، پژوهشکده محیط زیست رأساً اقدام به ارسال درخواست برای تأسیس مرکز تحقیقات تغییر اقلیم و سلامت نمود و در تیرماه 1402 موافقت اصولی وزارت بهداشت در این زمینه اخذ گردید. البته وزارت بهداشت در ابتدا مجوز این مرکز را به صورت مستقل از پژوهشکده محیط زیست صادر نموده بود، اما با بنابر درخواست مرکز، در مرداد 1403 مرکز تحقیقات تغییر اقلیم و سلامت زیر نظر پژوهشکده محیط زیست قرار گرفت.